總機構設在中華民國境內的營利事業（如外商在台子公司或合資公司）皆被視為本國公司，應就其中華民國境內及境外的全部營利所得合併課徵營利事業所得稅。來自中華民國境外的所得，若已經依照所得來源國稅法的規定繳納所得稅，則可作為國外稅額扣抵，由營利事業所得的全部應納稅額中扣除，但扣除的數額不能比該項收入被當成國內收入，並以國內稅率計算時的應納稅所得數額要多。
總機構設在中華民國境外之營利事業（如外商在台分公司），依稅法為外國公司，只需要就來自中華民國境內的營利事業所得繳交營利事業所得稅。
應課稅之中華民國來源所得如下：
1. 股利所得：依中華民國公司法成立的公司所分配的股利。
2. 盈餘所得：中華民國境內的合作社或合夥組織營利事業所分配的盈餘。
3. 勞務報酬所得：在中華民國境內提供勞務所換取的報酬。不住在中華民國境內的人，且在一個課稅年度內住在中華民國境內的時間不超過90天，則其自中華民國境外雇主所取得之勞務報酬不算應課稅所得。
4. 利息所得：由中華民國各級政府、中華民國境內之法人及中華民國居民所給付的利息。
5. 租賃所得：中華民國境內之財產因租賃所得到的租金。
6. 權利金所得：將專利權、商標權、著作權、祕密方法等各種特許權利提供給他人使用而取得的權利金。
7. 財產交易所得：在中華民國境內交易財產所得的收益。
8. 中華民國政府外派人員之勞務報酬所得：由中華民國政府外派人員及一般雇用人員在國外提供勞務所得的報酬。
9. 經營所得：在中華民國境內經營工商、農林、漁牧、礦冶等產業所得的收益。
10. 機會所得：在中華民國境內參加各種競技、競賽、抽獎等活動的所得。
11. 其他所得：在中華民國境內取得的其他收入。
免稅所得
依稅法規定，與營利事業相關的所得有部份可免納營利事業所得稅，包括下列項目：
1. 營利事業出售土地的交易所得；
2. 由1990年1月1日開始，證券交易的所得停止課徵所得稅，而證券交易的損失也不可以由所得額中減除；
3. 依期貨交易稅條例課徵的期貨交易稅目前暫行停止課徵所得稅，而交易的損失也不可以由所得額中減除；
4. 因繼承、遺贈或贈與而取得的財產，但不包括由其他營利事業贈與的財產；
5. 外國國際運輸事業在中華民國境內的營利事業所得，但只限於該國同樣給與中華民國國際運輸事業免稅待遇的情形；
6. 營利事業支付給外國事業的權利金，用於使用外國營利事業擁有的專利權、商標權及各種特許權利，以引進新生產技術或產品、改進產品品質、降低生產成本，並且經政府主管機關專案核准者；
7. 因建廠而支付給外國事業的技術服務報酬，並且經政府主管機關核定為重要生產事業者；
8. 由外國政府或國際經濟開發金融機構提供給中華民國政府或中華民國境內法人的貸款所生的利息；
9. 由外國金融機構提供給其中華民國境內分支機構或中華民國境內其他金融事業的融資所生的利息；
10. 外國金融機構提供給中華民國境內法人、用於重要經濟建設計畫的貸款所生的利息，並且經財政部核定者；
11. 以提供出口融資或保證為專業的外國政府機構以及外國金融機構，對中華民國境內法人所提供或保證的優惠利率出口貸款所生的利息；
12. 公司組織的營利事業，因為投資於國內其他營利事業，而獲得的股利或盈餘的淨額。
可扣除之費用或損失項目
營利事業在經營本業及附屬業務時，相關的費用與損失，只要有適當的合法憑證，即可認列為營利事業費用及損失。若費用不符合稅法規定，就不能列為課稅所得的減項。除了稅法規定的財稅差異，凡是超出稅法規定限額，或費用憑證與稅法規定不符，都應該作帳外調整，而不能列為費用或損失。大部份超過限額的費用都可以在計算10%未分配盈餘時，由未分配盈餘項目下減除。
折舊費用
在計算固定資產的折舊時，應以平均法、定率遞減法或工作時間法為準。
營利事業在使用這些計算方法時，應於每年預估本年度所得額時，或有正當理由須變換原採用之計算方法時，向該管稽徵機關申請核准。未申請計算方法核准者，視為採用平均法，而未申請變換計算方法者，則視為沿用原方法。
在計算各種固定資產的折舊時，除非經由政府獎勵而特別縮短之外，其耐用年數不能比資產耐用年數表規定的最短年限更短。在計算一般資產的折舊時，要以採購價格為實際成本來攤提其折舊費用，但營利事業新購置的小客車則以不超過財政部規定的實際成本標準為限。此實際成本的規定為：營利事業新購置乘人小客車，依規定耐用年數計提折舊時，其實際成本以不超過新臺幣150萬元為限；自2004年1月1日起新購置者，以不超過新臺幣250 萬元為限；超提之折舊額，不予認定。經營小客車租賃業務之營利事業，自2004年1月1日起，新購置營業用乘人小客車，依規定計提折舊時，其實際成本以不超過新臺幣500 萬元為限。
呆帳費用
在對應收帳款與應收票據債權估價時，應該以扣除預計備抵呆帳後的數額為準。此項備抵呆帳，依所得稅法規定，應該以應收帳款與應收票據餘額的1%限度內酌量估列，若為金融業者，則應按此限度依債權餘額估列。若營利事業依法可以列報的呆帳實際發生比率比上述標準高，則可以用前三個年度中依法列報的實際呆帳發生比率平均值為限度，加以估列。
應收帳款、應收票據及各項欠款債權若符合下列項目之一，則可視為實際發生的呆帳損失：
1. 因倒閉逃匿、和解、宣告破產，或其他原因，以致債權的一部份或全部都不能收回，或
2. 債權中有逾期兩年者，且催收後仍然無法收取本金或利息。
如果這些債權在列入損失後又收回，則應將收回的數額列為收回年度的收益。
虧損扣抵
本年度之前各年度的營業虧損不得列入本年度計算，但以公司形式組成的營利事業，若會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用所得稅法第77條所稱的藍色申報書，或經會計師查核簽證，並如期申報者，可以將經由該管稽徵機關核定的前五年內各期虧損，自本年純益額中扣除，然後再加以核課。
稅率
營利事業的應稅所得指的是收入淨額，也就是減除所有可扣除的成本、費用、虧損與稅負後的年度所得總額。營利事業所得稅的起徵額、課稅級距及累進稅率如下：
營利事業所得稅率
所得額級距 稅率
50,000元以下 免稅
50,000元~100,000元 課稅所得額在十萬元以下者，就其全部課稅所得額課徵15%，但其應納稅額不得超過課稅所得額超過五萬元以上部份之半數超過100,000元 課稅所得額在十萬元以上部份適用25%稅率
兩稅合一制度
自1998年1月1日兩稅合一制度實施後，對個人股東而言，由營利事業所取得的股利已納入營利事業所得稅，可用以抵繳個人綜合所得稅。對公司股東而言，取得的股利不計入課稅所得額，但公司須計入「股東可扣抵稅額帳戶」，並於日後分配可扣抵稅額給股東時使用，但非在中華民國境內居住之股東則不適用。
自1998 年度起，為配合兩稅合一制度，營利事業當年度的盈餘若未作分配，則應加徵此未分配盈餘10%的營利事業所得稅。所謂未分配盈餘，指的是經由稽徵機關核定的課稅所得額，加上：
一、同一年度依所得稅法或其他法律規定減免所得稅的所得額；
二、不計入所得課稅的所得額；
三、已依所得稅法第39條規定扣除的虧損及減除規定各款後的餘額。
加計此三項可使計算結果與會計所得相近，未來財政部將研擬修正未分配盈餘的計算，改為以會計帳上的未分配盈餘為計算基準。
在分配屬於1998或其後年度的盈餘時，營利事業須使用下列公式計算其稅額扣抵比率，並以這個比率作為計算股東等可獲配扣抵稅額的依據：
稅額扣抵比率＝股東可扣抵稅額帳戶餘額/累積未分配盈餘帳戶餘額
可扣抵稅額＝股利（或盈餘）淨額×稅額扣抵比率
營利事業在依照這項規定計算稅額扣抵比率時，若超過稅額扣抵比率上限，則應以稅額扣抵比率上限為準，計算股東可扣抵的稅額。稅額扣抵比率上限如下：
1. 累積未分配盈餘未加徵10%營利事業所得稅者，為33.33%。
2. 累積未分配盈餘已加徵10%營利事業所得稅者，為48.15%。
3. 累積未分配盈餘部分加徵、部分未加徵10%營利事業所得稅者，則依兩者在累積未分配盈餘中的比例，按1、2兩項規定的上限加權計算，公式如下：
（累積未分配盈餘未加徵10% / 全部累積未分配盈餘）*33.33%＋【1-（累積未分配盈餘未加徵10% / 全部累積未分配盈餘）】*48.15%
課稅會計年度
依所得稅法規定，一般會計年度指的是當年度1月1日到12月31日止，但營利事業在設立登記時可申請採用特殊期間的會計年度，也可在設立登記後報經該管稽徵機關核准變更其會計年度。
營利事業應備妥相關文件，以辦理營利事業所得稅及未分配盈餘加徵百分比的申報，以下為申報程序：
1. 年度結算申報
營利事業應於每年5月1日起至5月31日止，填妥結算申報書，向該管稽徵機關申報其上一年度的營利事業所得。若會計年度不採用曆年制，則應於其會計年度終了後第五個月結束前申報其營利事業所得稅。（例如：若會計年度是8/1~7/31，則其申報日期為12/1~12/31）。
年度結算申報書中須申報營利事業的收入、銷貨成本、毛利、營業費用、淨利、及營業外收入或損失。此外，營利事業也必須將資產負債表、股東可扣抵稅額帳戶變動明細表、及未分配盈餘申報書，連同營利事業所得稅結算申報書一併申報。
2. 暫繳申報
除非符合免辦理暫繳的相關規定，營利事業應於每年9月1日到9月30日間，依照上年度結算申報營利事業所得稅應納稅額的二分之一為暫繳稅額，自行繳納，並依照規定的格式填寫暫繳稅額申報書，連同暫繳稅額的繳款收據一併向該管稽徵機關申報。
若為公司組織的營利事業，具有完備的會計帳冊簿據，使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並且如期辦理暫繳申報，則可以用當年度前六個月的營業收入總額，依所得稅法有關營利事業所得稅的規定，試算其前半年的營利事業所得額，再依當年度的稅率計算其暫繳稅額，而不使用前一段所述的暫繳稅額計算方式。
移轉訂價議題
有鑑於跨國公司來台投資及國內廠商對外投資的情況日益普遍，利用境外公司移轉利潤的情事也時有所聞，而且移轉訂價的相關措施在國外已行之有年，財政部於2004年12月28日訂定發布「營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則」，以因應國際潮流，並對不當移轉利潤的情事加以防制。相關議題如下所述：
關係企業定義
所謂「關係企業」指的是相互間有從屬或控制關係的營利事業。這裏所說具有從屬關係，或直接間接為另一事業所有或控制，指的是營利事業相互間有下列情形之一者：
1. 營利事業直接或間接持有另一營利事業有表決權的股份或資本額，超過後者已發行有表決權股份總數或資本總額的20%以上。
2. 兩個以上營利事業各有20%以上已發行有表決權之股份數或資本額直接或間接由同樣的人持有或控制。
3. 營利事業持有另一營利事業有表決權之股份總數或資本總額百分比為最高，且達10%以上。
4. 營利事業與另一營利事業之執行業務股東或董事有半數以上相同。
5. 營利事業，以及其直接或間接持有50%以上股份總數或資本總額之另一營利事業，共同派任於第三家營利事業的董事數目超過其董事總席次半數以上。
6. 營利事業之董事長、總經理或與其相當或更高層級職位之人與另一營利事業之董事長、總經理或與其相當或更高層級職位之人為同一人，或具有配偶或二親等以內之親屬關係。
7. 總機構在中華民國境外之營利事業，其在中華民國境內之分支機構，與該總機構或該營利事業在中華民國境外之其他分支機構；總機構在中華民國境內之營利事業，其總機構或其在中華民國境內之分支機構，與該營利事業在中華民國境外之分支機構。
8. 營利事業直接或間接控制另一營利事業之人事、財務或業務經營，包括：
- 營利事業之生產經營活動須由另一營利事業提供專利權、商標權、著作權、秘密方法、專門技術或各種特許權利才能進行，而且這些生產經營活動的產值達該營利事業同年度生產經營活動總產值的50%以上。
- 營利事業購進之原物料、商品，其價格及交易條件由另一營利事業控制，且該購入原物料、商品之金額達該營利事業同年度購進原物料、商品總金額的50%以上。
- 營利事業商品之銷售，由另一營利事業控制，且該商品之銷售收入達該營利事業同年度銷售收入總額50%以上。
9. 營利事業與其他營利事業簽訂合資或聯合經營契約。
10. 其他足以證明營利事業對另一營利事業具有控制能力，或在人事、財務、業務經營或管理政策上具有重大影響力的情形。
除了上列各種情形，若個人或組織、機關及團體等有特定關聯，也會被視為關係人。例如，若營利事業捐贈予基金會之相關資產超過該基金會總資產三分之一，則該營利事業與基金會將被視為關係人。除此之外，該營利事業的董事長、總經理或與其相當或更高層級職位者的二等親以內親屬，都算作該營利事業之關係人。
2004年度營利事業所得稅申報揭露移轉訂價書表
財政部於2005年4月20日邀集四大會計師事務所、各會計師公會代表以及各地區國稅局官員研商「會計師公會建議如何實施簽證會計師對移轉訂價四書表簽章方案」。會中對於移轉訂價實施初期會計師簽證責任的釐清，以及應揭露移轉訂價四張申報書表的營利事業及交易範圍達成多項共識。因為考量到在實施初期，營利事業及會計師對於法令尚未完全瞭解，為了讓移轉訂價制度能運作順暢，各地區國稅局將會加強輔導。另外，在實施初期，為減輕營利事業及會計師的負擔，財政部同意於2004年度營利事業所得稅結算申報時，將應揭露的關係人以及關係人交易的範圍予以簡化並縮小。2005年度營利事業所得結算申報是否也適用簡化的揭露範圍，則要視財政部於2005年底或2006年初是否發布相關解釋而定。
2004年度營利事業所得稅移轉訂價4 張申報書表揭露相關規定如下：
適用於上述規定的營利事業包括：
1. 台灣的公開發行公司，包括上市與上櫃者。
2. 非公開發行公司符合下列情形之一者：
- 總機構在中華民國境外之營利事業，在我國境內之關係企業（包括在我國境內之分支機構）。
- 總機構在中華民國境內之營利事業，在我國境外有關係企業者（包括在我國境外有分支機構者）。
- 營利事業依租稅減免法規享有租稅優惠者。但營利事業依法申報實際抵減的稅額（包括得抵減未分配盈餘加徵10％應納稅額的金額）若在新臺幣50萬元以下則不適用。所稱租稅減免法規，指的是2004年度營利事業所得稅結算申報租稅減免附冊所列的法規。
租稅減免包括投資抵減、五年免稅、營運總部租稅獎勵等。
在關係企業以外的關係人方面，依營利事業與移轉訂價查核準則第4條第1項第2款規定之關係企業以外關係人相互之間從事交易，而且該項交易符合下列條件之一者，應揭露該關係人資訊，以及與該關係人交易的資料：
1. 與該關係人的單筆交易金額在新臺幣100萬元以上，而且金額為該類型交易的前5名；
2. 與該關係人之同一類型交易全年交易總額在新臺幣500萬元（約美金16萬元）以上，而且達到該營利事業同一類型交易全年交易總額的5%以上。
營利事業與其關係企業相互間的交易，若符合下列規定之一者，即應揭露：
1. 單筆交易金額在新臺幣500萬元（約美金16萬元）以上；
2. 與同一關係企業同一類型交易的全年交易總額在新臺幣1,000萬元（約美金33萬元）以上，而且達到該營利事業同一類型交易全年交易總額的2％以上。
3. 與同一關係企業同一類型交易的全年交易總額在新臺幣1億元（約美金333萬元）以上。
上述的簡化作業只會影響營利事業應揭露關係人及關係人交易資訊的範圍，而不會影響移轉訂價查核準則的適用範圍及其他相關義務，所以上列範圍之外的營利事業在2004年度雖然不必在結算申報書中揭露關係人及關係人交易的資訊，但仍然有依移轉訂價查核準則之規定備妥企業綜覽、組織結構及受控交易彙整資料等移轉訂價報告以外文據資料的義務。
為了釐清移轉訂價四張申報書表的相關揭露疑義，財政部進一步說明如下：
營利事業揭露關係人交易明細資料的方式，應參照財務會計準則中所述「每一個關係人之交易金額或餘額如達該企業當期各該項交易總額或餘額10％以上者應單獨列示，其餘得加總後彙列之」的規定辦理。
營利事業於2004年度未依移轉訂價查核準則規定進行移轉訂價分析者，得於申報書中關係人交易彙總表加註說明，不需要填寫訂價方法。
文據資料
在移轉訂價查核準則中列有所需的文據資料清單。雖然在準則中並未明確要求營利事業準備「當期的文據」，但要求文據資料必須：
1. 於營運當年度備妥（實際上來說，也就是當期的文據）；
2. 於提交結算申報書時備妥；
3. 於稽徵機關書面調查函送達日起一個月內提示，若有特殊情形而無法於規定期間內提示者則應於期間屆滿前申請延期，延長之期間最長不得超過一個月，並以一次為限。
從事受控交易的營利事業，在辦理交易年度的所得稅結算申報時，應備妥下列文據：
1. 企業綜覽：包括營運歷史、主要商業活動之說明、影響移轉訂價的經濟、法律及其他因素的分析；
2. 組織結構：包括國內、外關係企業結構圖、董事、監察人與經理人的名冊，以及查核年度前後一年內的異動資料等；
3. 受控交易的彙整資料：包括交易類型、流程、日期、標的、數量、價格、契約條款以及交易標的資產或服務的用途；
4. 移轉訂價報告，至少須包括下列內容：
- 產業及經濟情況分析；
- 受控交易各參與人的功能及風險分析；
- 依相關移轉訂價常規交易原則辦理的情形；
- 依規定選定的可比較對象以及相關資料；
- 依規定進行的可比較程度分析；
- 選定之最適常規交易方法以及選定的理由、列入考量的其他常規交易方法以及不予採用的理由；
- 受控交易其他參與人所採用的訂價方法及相關資料；
- 依最適常規交易方法評估是否符合常規或決定常規交易結果的情形，包括所使用的可比較對象相關資料、為消除相關因素的差異所作的調整、使用的假設、常規交易的範圍、是否符合常規的結論，以及按常規交易結果調整的情形等；
5. 依公司法規定的關係報告書、關係企業合併營業報告書等資料；
6. 其他與關係人或受控交易有關，且會影響訂價的文件。
預先訂價協議
營利事業與其關係人所進行的交易，若符合下列各項條件，則可由該營利事業依規定向該管稽徵機關申請預先訂價協議，以議定其常規交易結果：
一、申請預先訂價協議的交易總額達10億元以上或年度交易金額達5億元以上；
二、前三年度沒有重大逃漏稅情事；
三、已備妥相關的文據資料（包含已完成規定要求的移轉訂價報告）；
四、其他經財政部核定的條件。
申請預先訂價協議的程序如下：
1. 申請預先訂價協議的營利事業（以下簡稱申請人）應於相關交易所涵蓋的第一個會計年度終了前依規定格式向該管稽徵機關申請；
2. 該管稽徵機關在收到申請書後，應於一個月內以書面通知申請人是否受理；
3. 若經同意受理，則應於書面通知送達之日起一個月內提供規定的文件及報告；
4. 稽徵機關應於收到申請人或其代理人所提供符合規定的文件及報告之日起一年內，進行審核評估，並作成結論；若有特殊情況，稽徵機關得延長審核評估期間六個月，必要時可再延長六個月；
5. 稽徵機關應於作成審核評估結論之日起六個月內，與申請人或其代理人就可比較對象及其交易結果、假設條件、訂價原則、計算方法、適用期間及其他主要問題進行討論，並於雙方達成協議後，由申請人或其代理人與該管稽徵機關法定代表人或授權簽署人共同簽署預先訂價協議。
上述預先訂價協議的適用期間，以申請年度起算三年至五年為限，但若申請交易的存續期間若短於此期限，則以該存續期間為準。但若申請人已經確實遵守預先訂價協議的各項條款，則可在適用期間屆滿之前，檢附足以證明影響預先訂價協議內容的相關事實，與環境未發生實質變化的資料，向該管稽徵機關申請延長適用期間，經審核同意後，得再簽署預先訂價協議，但延長的期間以五年為限。
申請人應該在適用預先訂價協議各課稅年度的結算申報期間內，向該管稽徵機關提出執行預先訂價協議的年度報告，並依照規定保存所需的文件與報告。
前述年度報告的內容應該包括實際訂價及各參與人的損益情形、依預先訂價協議辦理的情形、影響交易結果的假設條件及因素的變動情形。
常規交易方法
查核準則中亦提供下列替代之營利事業所得查核方法。
採用常規交易範圍：指二個或二個以上可比較的未受控交易，使用相同的常規交易方法，所產生常規交易結果的範圍。如果可比較未受控交易的資料不完整，以致無法確認其與受控交易之間的差異，或無法進行調整以消除此差異對交易結果所產生的影響，則以可比較未受控交易結果的第二十五到第七十五百分位數區間，作為常規交易的範圍。若受控交易的交易結果落在常規交易範圍之內，則視為符合常規，不需要進行調整，否則就必須調整受控交易的交易結果。
同業利潤標準所得額：依據查核準則第33條，在調查營利事業應稅所得時，稽徵機關得依查核準則第22條所要求的文據資料核定之。營利事業沒有依規定提示文據，或無法提示者，稽徵機關得依查得的資料，依規定予以核定。若沒有查得資料，而且營利事業所未提示的文據關係到所得額計算的成本或費用，則稽徵機關得依83條及其施行細則第81條規定，就該部分相關的營業收入淨額，依同業利潤標準核定其所得額。若營利事業拒不提示的文據關係到所得額的資料與文件者，稽徵機關得依稅捐稽徵法第46條規定辦理。同業利潤標準一般適用於營利事業未能備妥相關文據資料時，其利率將高於各該業的所得額標準。
罰則
從事受控交易的營利事業，應依所得稅法及移轉訂價查核準則規定決定其常規交易結果，並據以申報所得額。若不依規定辦理，以致減少納稅義務，經稽徵機關依所得稅法及移轉訂價查核準則規定調整並核定相關納稅義務人之所得額者，如有下列具體短漏報情事之一，則應依所得稅法第110條規定辦理：
1. 受控交易申報的價格，為稽徵機關核定的常規交易價格2倍以上，或為核定之常規交易價格50%以下；
2. 受控交易經稽徵機關調整並核定增加的所得額，達到營利事業核定全年所得額的10%以上，且達其核定全年營業收入淨額的3%以上；
3. 營利事業未提示依規定之移轉訂價報告，且無法提示其他文據證明其訂價結果符合常規交易的結果；
4. 其他經稽徵機關查得有具體短漏報事證，而且短漏報金額巨大。
上述各項規定自2005年度營利事業所得稅結算申報的案件均適用。
法源依據
依所得稅法第80條規定（調查核定之相關規定），財政部訂定「營利事業不合常規移轉定價查核準則」，提供其下的稅務機關查核關係人交易間是否有不合常規的交易發生。
依所得稅法第43-1條，營利事業與國內外其他營利事業具有從屬關係，或直接間接為另一事業所有或控制，其相互間有關收益、成本、費用與損益的攤計，如果有不合乎營業常規的安排，以規避或減少納稅義務者，稽徵機關為了正確計算該事業的所得額，得報經財政部核准按照營業常規加以調整。
稽徵機關於2004年1月2日增訂營利事業所得稅查核準則第114-1條，提供納稅義務人瞭解關係人交易及申請預先訂價協議的規定。但移轉訂價議題複雜，因而財政部乃於2004年12月28日另訂定發布「營利事業所得稅不合常規移轉訂價之查核準則」，此查核準則優先適用於「營利事業所得稅查核準則」第114-1條的規定。
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